Entré à l'assemblée nationale le 20 juin 2012 à la faveur d'un accord PS - EELV (Europe Ecologie Les Verts), Denis Baupin est aussi devenu vice-président de l'Assemblée nationale.

Dans un communiqué publié sur Facebook, le député de Paris indique "des désaccords stratégiques" pour expliquer "ne pas renouveler son adhésion et donc (...) démissionner d'EELV".

Denis Baupin est élu local à Paris depuis 1995 où il entre au conseil du 20e arrondissement, élu conseiller de Paris en 2001. Il est alors  élu adjoint au maire de Paris Bertrand Delanoë (PS) chargé des transports par 80 voix sur 84 votants parmi les 163 conseillers de Paris.
En 2008 pour sa deuxième mandature, le Maire de Paris lui préfère la socialiste Annick Lepetit, conseillère de Paris du 17e arrondissement et député de Paris, pour gérer les transports. Denis Baupin devient chargé du développement durable, de l'environnement et du plan climat.
Il quitte l'hôtel de ville début juillet 2012 suite à son élection au parlement au second tour le 17 juin 2012.
 

Communiqué sur la page facebook de Denis Baupin : 

Monsieur le Secrétaire National,
Cher David,
J'ai décidé de ne pas renouveler ma cotisation et donc de démissionner d'EELV.
Je n'ai pas pris cette décision le cœur léger, car cela fait maintenant plus de 27 ans que j'en suis membre, espérant lui avoir été utile.
Mais, chacun a pu s'en rendre compte, je partage de moins en moins les choix stratégiques du mouvement, même si je n'en méconnais pas les raisons. Et même si je peux partager une partie des analyses (sur la situation politique, le rapport des écologistes au pouvoir que tu as toi même évoqué...), mon intuition personnelle ne me conduit pas aux mêmes conclusions sur ce qui est le plus efficace pour faire progresser concrètement l'écologie.
Je ne prétends pas être sûr d'avoir raison (tout choix est un pari), mais c'est la façon dont moi je me sens le plus utile, en mettant mes actes en conformité avec mon intuition. 
Car s'il est bien une chose que j'ai appris au cours de ces années, c'est qu'on ne peut être efficace et convaincant qu'en faisant ce que l'on sent juste.
C'est pourquoi les militants et cadres d'EELV ne deviennent pas pour moi des ennemis, car je les considérerai toujours comme des écologistes, même si nous avons des désaccords stratégiques. En 27 ans d'écologie j'ai trop connu de guerres fratricides - où d'autres écologistes deviennent les pires ennemis parce que d'un autre parti, d'un autre courant - pour ne pas m'en méfier comme de la peste, car elles sont ravageuses pour les personnes et pour la crédibilité du combat écologiste que nous menons. Mon sentiment est au contraire que nous aurons collectivement progressé lorsque nous serons capables, les uns et les autres, d'accepter et valoriser nos complémentarités que d'en faire des différences irréconciliables.
L'écologie reste pour moi le fil conducteur de mon engagement, car je continue de penser que sa grille d'analyse est celle qui apporte le plus de réponses pertinentes. Et, plus que jamais, engager et mettre en œuvre la décroissance et la sortie du nucléaire, pas à pas, malgré les obstacles de tous ordres et les conservatismes, reste mon combat prioritaire.
Cordialement,
Denis Baupin.

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