« Le préfet est le seul représentant de l’État dans le département, les sous-préfets étant chargés de l’assister. Délégué du gouvernement, il représente directement le Premier ministre et chacun des ministres. Il a la charge des intérêts nationaux, et assure la direction des services de l’État dans le département ou la région (...). Il est l’interlocuteur incontournable de tous les acteurs de la vie politique, économique et sociale du département, qu’il s’agisse des collectivités locales, des entreprises, des organisations professionnelles ou syndicales, des établissements scientifiques : la délivrance des titres d’identité, l’application des règles relatives à l’entrée et au séjour des étrangers, la circulation et la sécurité routières, les procédures d’autorisation de toute sorte et les enquêtes publiques à l’initiative de l’État. 

Il exerce un contrôle administratif des collectivités locales comportant à la fois le contrôle de légalité et le contrôle budgétaire de leurs actes et de ceux de leurs établissements publics, et également aux organismes publics exerçant une mission d’intérêt général et utilisant des fonds publics ou percevant des ressources parafiscales (établissements d’enseignement, chambres consulaires, organismes de logements sociaux, établissements sociaux...) ; il s’exerce, selon les cas, par autorisation ou par contrôle a posteriori.

Le préfet de département a la charge de l’ordre public et de la protection des populations : maintien de l’ordre, protection des personnes et des biens, des réseaux de communication et de transport, prévention et traitement des risques naturels ou technologiques, ..., au fonctionnement normal de la démocratie. Il dispose d’un pouvoir de réquisition à des fins civiles (...) En période de crise, le préfet fait figure de chef d’orchestre et de coordonnateur pour l’ensemble des services impliqués. 

Le préfet de zone détient des pouvoirs exceptionnels en cas de crise grave, notamment de rupture des communications avec le gouvernement, qui lui permettent de prescrire les mesures nécessaires à l’exécution des plans de défense. Il préside le comité de défense de la zone, qui groupe tous les préfets de la zone et l’autorité militaire, et permet de coordonner les mesures de défense à l’échelon zonal. Il contrôle l’exercice du pouvoir des préfets de région et de département en matière de défense civile. En cas de crise grave, ce contrôle peut se transformer en autorité hiérarchique en toute matière sur toutes les administrations civiles de la zone. 

Le préfet de région est notamment responsable des contrats de plans des équipements publics, ainsi que des programmes communautaires des fonds structurels européens. Il est par ailleurs chargé d’animer la politique d’intelligence territoriale dans sa double dimension offensive (anticiper les mutations, trouver et diffuser l’information stratégique) et défensive (contre les tentatives de déstabilisation ou de prédation visant des entreprises de la région). »

Source : Ministère de l'Intérieur.

Dans le Pacifique sud en Polynésie et en Nouvelle-Calédonie, le préfet se nomme Haut-commissaire de la République. 
Dans le territoire d'outre-mer des îles de Wallis et Futuna, le préfet détient le pouvoir exécutif et non le président de l'Assemblée territoriale. C'est une exception au sein de la République.
Par ailleurs, le Haut-commissaire de la République en Nouvelle-Calédonie est aussi préfet de la zone de défense et de sécurité de Nouvelle-Calédonie et Wallis-et-Futuna. 
Le "Haut-commissaire de la République en Polynésie française" est aussi administrateur délégué de l'île de Clipperton dans le Pacifique nord.