Les relations du Président de la République avec les Polynésiens marquent un tournant en 1995, deux ans avant la dissolution de l'Assemblée nationale provoquant une alternance politique au sein de l'hémicycle. De septembre 1995 à janvier 1996, les six derniers tirs nucléaires français dans le Pacifique Sud provoquent des émeutes à Tahiti, ainsi que l'émoi au Japon, en Australie et dans les pays voisins du Pacifique. 

L'aéroport international de Tahiti - Fa'a'a et la capitale administrative, Papeete, sont saccagés. Les deux amis de toujours, co-fondateurs du RPR en décembre 1976, connaissent les premières tensions dans leur relation politique. Le territoire, représenté par Gaston Flosse, négocie avec l'Etat, représenté par Jacques Chirac, la pérennité du Fonds de reconversion de l'économie polynésienne, initialement créé pour une durée de dix ans. Il s'agit de compenser à vie la perte financière que représentait la fermeture du Centre d'expérimentation du Pacifique et ses conséquences : le départ de militaires et d'ingénieurs avec les familles, le phénomène du chômage de longue durée, l'exode sur Tahiti des îliens des autres archipels et l'apparition d'une pauvreté subitement visible dans la rue.

A Tahiti le 26 juillet 2003, le chef de l'État rappelle la dette de la France à l'égard de la Polynésie qui a hébergé les essais nucléaires français sur les atolls de Mururoa et de Fangataufa dans l'archipel des Tuamotu.
 

Le Président de la République transforme alors le Fonds de reconversion de l'économie polynésienne en une dotation globale de développement économique d'un montant annuel de 18 milliards de francs Pacifique - soit 151 millions d'euros.
 

A Paris en 2003, un nouveau statut est en préparation afin de doter la collectivité d'outre-mer de quatre institutions :   
Le vote du statut d'autonomie interne en février 2004 (0), au lieu de renouveler Gaston Flosse à la tête de la Polynésie suite à l'élection des représentants à l'Assemblée de la Polynésie française, voit la mise en place d'une alternance politique inattendue : les opposants, à leur grande surprise, sont portés au pouvoir par défaut, et ils élisent en juin 2004, conformément aux nouvelles règles statutaires, le premier "Président de la Polynésie française" : l'indépendantiste Oscar Temaru, fonctionnaire de l'Etat à la retraite issu du corps des Douanes. Cent trente douaniers exercent actuellement en Polynésie avec deux missions : l'encaissement des taxes pour le compte du Gouvernement de la Polynésie et le combat contre les trafics (drogues, armes) pour le compte de l'Etat.

S'ensuit neuf longues années d'instabilité politique où la Polynésie connaît 10 Présidents de la Polynésie française, 13 gouvernements ainsi que 10 présidents de l'Assemblée de la Polynésie française. Il faudra attendre deux modifications du statut de la Polynésie française en 2007 (1) et en 2011 (2), ainsi que les élections à l'Assemblée en 2008 et en 2013 pour que le "pays" d'outre-mer retrouve une stabilité politique qui lui faisait défaut depuis 2004. C'est le retour de Gaston Flosse en 2013 à la tête du pays. Il est reçu à Paris, avant d'être frappé d'inéligibilité jusqu'en juillet 2019. Edouard Fritch prend alors le pouvoir en 2015, sur fond de règlements de compte avec son ancien mentor. Devenu président, Edouard Fritch rejoint en 2017 les soutiens de la politique du président Emmanuel Macron.

Une autre explication de la défaite de Jacques Chirac en Polynésie, avec un statut d'autonomie « taillé sur mesure » pour Gaston Flosse selon certaines sources, tiendrait au rejet par la population d'un développement à marche forcée depuis 1962 qui les dépasse de plus en plus, suite à la création du Centre des expérimentations nucléaires. Les choses ont bien changé : il y a développement et Développement. Or, en dépit de la baisse de la natalité, les prévisions démographiques annoncent un million d'habitants à l'horizon 2050, voire avant. Les élus de la Polynésie française ne semblent pas avoir pris pleinement conscience des bouleversements à venir qu'il s'agit d'anticiper afin de ne pas aggraver les inégalités.

A Tahiti et à Paris, les rédacteurs du statut d'autonomie interne de la Polynésie au sein de la République oublient les premières institutions de la collectivité d'outre-mer et pas les moindres.

La première institution du territoire ne figure pas dans le statut de 2004 : l'Académie Tahitienne, créée en 1972 par la délibération 72-92 de l'Assemblée territoriale.
 

Dans le nouveau statut d'autonomie de la Polynésie voté le 5 juillet 2019 (3), la nouvelle LOI organique prend un soin tout particulier à ne citer aucune de ces trois institutions de la Polynésie française. Le rôle important de l'Académie Tahitienne, de l'Académie marquisienne, et de l'Académie pa'umotu, ne devait, semble-t-il, pas être gravé dans la pierre du nouveau statut d'autonomie de la Polynésie, les laissant ainsi à la merci du Politique au niveau local.

Jacques Chirac était-il conscient de toutes les implications de son action en Polynésie et de son statut de 2004 ?

A partir de septembre 2005, la santé du Président de la République devient fragile. Jacques Chirac, encore en exercice, est hospitalisé en urgence à l'hôpital militaire du Val-de-Grâce, dans le 5e arrondissement de Paris, pour un « petit accident vasculaire », autrement dit un accident vasculaire cérébral. Il y reste une semaine.

Depuis son départ de l'Élysée en 2007, Jacques Chirac s'était retrouvé plusieurs fois à l'hôpital, en 2013, en 2014, en 2015 et en 2016. En septembre 2011, il n'avait pas pu assister au procès des emplois fictifs de la Mairie de Paris en raison de « troubles de la mémoire ».

Ce 26 septembre 2019 au matin, il vient de s'éteindre « au milieu des siens. Paisiblement. »